공정위는 1986년 공정거래법 개정을 통하여 전속고발권과 법 위반사항에 대한 직권조사 권한 보유 이후 1999년 금융거래에 대한 계좌추적권 확보, 2001년 직권조사 발동 요건을 위반 사실에서 위반 혐의로 강화한 바 있다. 공정위는 2002년 부당내부거래에 대해 강제조사권 도입을 무리하게 추진하였고, 재계 및 전문가들의 반대 여론에 밀려 중도 포기한 바 있다. 뒤이어 공정위는 2003년 중 카르텔 근절을 위해 법무부에 “사법경찰관리의 직무를 행할자와 그 직무범위에 관한 법률”(이하 “사법경찰관법”)의 개정을 요청하여 공정위 조사요원에게 특별사법경찰관의 지위를 부여한다는 방침을 밝혔다. 현행 공정위의 조사권한 내용을 살펴보면 출석요구권, 자료영치권 및 현장출입권 등 강제조사권에 근접하는 조사권한을 가지고 있다. 실질적으로 압수, 수색 등 사법수사권과 다를 바 없는 조사와 이행 수단을 확보하고 있다. 공정위는 부당한 공공행위 관련 사안에 대하여 충분한 행정적 제재와 형사적 제재 수단을 갖추고 있다.

경쟁당국에 강제조사권을 부여한 나라는 엄격한 통제장치를 마련하여 운영하고 있으나 우리나라 공정위의 조사에 대한 통제장치는 매우 미흡하다. 우리나라 공정위는 사무처장이 조사를 실시하도록 하며, 사건심사를 착수할 경우 심사관이 공정위 위원장에게 ‘사건심사 착수보고’를 할 뿐이다(“공정거래위원회 회의운영 및 사건절차 등에 관한 규칙” 제10조~12조). 공정위의 조사는 사무처장이 지정한 심사관에 의해 이루어지며 사건착수보고만 하면 되기 때문에 위원회에 의한 엄격한 내부통제가 이루어지지 못하고 있다. 조사요건이나 적법한 절차(due process of law)가 선진국에 비해 크게 미흡하여 조사권이 강화될 경우 남용의 소지가 크다.

공정위의 강제조사권 도입시 과연 담합의 적발이 더 늘어날 수 있는가도 의문이다. 미국의 예를 들어보자. 미국의 1960년대 전기장비산업, 1970-80년대 고속도로건설산업, 1990년대의 학교우유급식시장에서 광범위한 명시적 혹은 암묵적 가격공모가 이루어졌으나 미국의 연방거래위원회의 직권조사와 법무부 독점금지국의 압수수색에 의해 담합의 존재가 포착된 것은 일부에 불과하다. 대부분의 담합 적발은 합법적인 감청과 카르텔 내부의 이윤배분에 불만을 품은 카르텔 회원의 밀고에 의해 이루어지고 있기 때문이다. 실익이 없는 무리한 강제조사권의 도입보다는 혐의가 드러난 담합의 경우 직접 검찰에 고발하거나 내부밀고자보호 및 보상 강화를 통하여 절차적 정당성 및 정책 실효성을 동시에 확보할 필요가 있다. 공정위는 2002년 부당공동행위를 행한 학생복 제조업체 및 정유사를 검찰에 고발한 바와 같이 유사사례에 대해 향후 엄격하게 공정거래법을 집행함으로써 부당한 공동행위에 대한 사전적인 억제력을 제고해야 한다. 한편으로는 공정위의 시정조치가 있기 전에도 부당한 공동행위의 결과 피해를 본 사적 당사자가 법원에 직접 손해배상을 청구할 수 있도록 하고, 전문가들을 활용하여 담합으로 인한 손해발생 입증과 손해배상액을 추정하여 부당이득을 환수할 수 있어야 한다. 이 경우 담합행위에 한하여 징벌적 배상제도를 검토할 필요가 있다. 더불어 담합의 정황적 증거 확보와 합리적인 피해액 추정을 위한 통계프로그램 개발 및 상시정보수집체계를 강화해야 한다. 공정위는 물리적 강제조사보다는 암묵적 답합의 감지와 정확한 손해배상액을 추정할 수 있는 통계분석 프로그램 개발 및 인력보강에 힘써야 한다. 미국의 경우 공동행위에 대한 규제가 강화되면서 사업자간의 합의가 암묵적으로 이루어지는 사례가 많기 때문에 ‘합의의 존재’를 입증하기 위한 정치한 추정방법이 개발되고 있다. 그리고 부당한 공동행위를 예방하고 억제하기 위해 시행하고 있는 공공건설공사 입찰분야에 대한 『상시정보수집체계』의 적용분야를 부당한 공동행위의 가능성이 상대적으로 높은 다른 업종 및 사업자단체에 대폭 확대할 필요가 있다.